ציסטות שחלתיות הנן תופעה שכיחה ביותר בנשים מאז גיל הופעת הווסת ועד להפסקתו (במנופאוזה, גיל הבלות)
נשים רבות אינן מודעות לכך כי בכל חודש עם הביוץ נוצרת ציסטה בשחלה ושמה הגופיף הצהוב, מטרתה להמתין להריון שיגיע ולתמוך בו מבחינה הורמונלית עד התפתחות השליה. במידה ואין הריון באותו חודש, יופיע דימום וסתי והציסטה תעלם באופן טבעי. לעיתים ציסטות אלו מלוות בכאבים ודימום פנימי ואף יכולות לחייב אשפוז בבית החולים אך בדרך כלל אין צורך בטיפול נוסף פרט להמתנה וטיפול נגד כאבים. במידה ואובחנה ציסטה כזו נמליץ בדרך כלל על ביצוע אולטרסאוד לאחר הווסת הבאה על מנת לוודא כי הציסטה אכן נעלמה.
למרות היות הציסטות הללו (המכונות גם ציסטות פונקציונליות) דבר טבעי וחולף, לעיתים אין מדובר בציסטה אר נעלמת באופן טבעי.
ציסטות הנשארות באופן ממושך בשחלה יכולות לגרום לבעיות כגון תסביב של השחלה, כובד הציסטה יכול לגרום לשחלה להסתובב על צירה ולהפחית את אספקת הדם לשחלה. מצב זה יגרום לכאב חד אשר בדרך כלל מלווה בהקאות חוזרות, במידה והתפתח תסביב של השחלה מומלץ לבצע ניתוח דחוף על מנת לטפל בבעיה.
ציסטות שחלתיות יכולות להופיע גם בילדות לפני הופעת הווסת וגם בנשים מבוגרות לאחר הופעת הווסת ומחייבות התייחסות מיוחדת על מנת לשלול תהליך ממאיר או טרום ממאיר. בדרך כלל נבצע בדיקות דם על מנת לאתר סמנים סרטניים ובמידה והציסטה גדלה או חשודה בסונר נמליץ בדרך כלל על ניתוח להוצאתה.
ציסטות שכיחות מאוד בנשים בגיל הפריון הנן ציסטות דרמואידיות אשר מכילות רקמה עוברית מתאי נבט בשחלה, ציסטות אחרות יכולות להיות ביטוי של אנדומטריוזיס ולהכיל נוזל עכור. לעיתים באולטסאונד נראה בתוך הציסטה נוזל צלול או רקמה סולידית. ציסטות שחלתיות פרסיסטנטיות מחייבות בירור ע"י רופא ולעיתים יצריכו טיפול ניתוחי. הניתוח בדרך כלל יהיה ניתוח לפרוסקופי ובנשים צעירות ינסה לשמר את השחלה במידת האפשר.
הופעת ציסטה שחלתית באשה בגיל הפריון בדרך כלל אינה צריבה להדאיג, יש לפנות לרופא הנשים על מנת להמשיך מעקב ובירור.